python处理fasta和fastq文件fasta文件格式

　　fasta文件格式：fasta文件为一个ID对应一个序列，可以是转录本序列，蛋白序列
　　V350033524L1C001R001000203231
　　AAGCTGTCCCATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTGAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG
　　V350033524L1C001R001000694911
　　AAGCTGTCCAATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTGAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG
　　读取fasta文件保存为字典，对应的ID为key，序列为value：withopen（rE：python练习文件test。fa，r）asfa：fadict｛｝forlineinfa：去除末尾换行符lineline。replace（，）ifline。startswith（）：去除号seqnameline〔1：〕fadict〔seqname〕else：去除末尾换行符并连接多行序列fadict〔seqname〕line。replace（，）查看结果，可以看到完整的把换行的序列拼接到一起了，保存为字典格式。print（fadict）｛V350033524L1C001R001000203231：AAGCTGTCCCATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTGAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG，V350033524L1C001R001000694911：AAGCTGTCCAATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTGAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG，V350033524L1C001R001000739131：AAGCTGTCCTATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTCAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG，V350033524L1C001R001001493151：AAGCTGTCCTATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTCAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG，V350033524L1C001R001002160481：AAGCTGTCCAATCAATAGCTGCCGCTGAAGGGTGGGGCTGGATGGCGTAAGCTACAGCTCAAGGAAGAACGTGAGCACGAGGCACTGAGGTGATTGGCTG｝计算每条序列的GC含量及计算每条序列长度遍历字典forname，seqinfadict。items（）：输出名称print（name）计算G，C碱基数量Gbaseseq。count（G）Cbaseseq。count（C）计算含量GperGbaselen（seq）100CperCbaselen（seq）100计算长度lengthlen（seq）保留小数点后两位Gperround（Gper，2）Cperround（Cper，2）打印输出print（Gpercentis：str（Gper））print（Gpercentis：str（Cper））print（lenth：str（length））V350033524L1C001R001000203231Gpercentis：37。0Gpercentis：20。0lenth：100V350033524L1C001R001000694911Gpercentis：37。0Gpercentis：19。0lenth：100V350033524L1C001R001000739131Gpercentis：36。0Gpercentis：20。0lenth：100V350033524L1C001R001001493151Gpercentis：36。0Gpercentis：20。0lenth：100V350033524L1C001R001002160481Gpercentis：36。0Gpercentis：20。0lenth：100